毎月の約定返済日が月初の場合、新金利が決まってから特約期間終了日までの期間が短くて、再設定手続きが間に合わないのではないでしょうか?

住宅ローンの金利は後払いとなっておりますので、実際に新しい金利でのご返済が開始されるのは、現在の固定金利特約期間終了日の属する月の翌月の約定返済日からとなります。
特約期間終了日を経過した後に固定金利特約期間の再設定手続きを行った場合でも、当月中のお手続きであれば、その月の固定金利特約金利が、翌月返済分より適用されます。