（振込・振替）振込の際、受取人名がカタカナ小文字（ィ）から大文字（イ）に自動的に変換されますが、問題ありませんか？

問題ありません。
これは各金融機関共通の仕様となっておりますので、小文字と大文字の相違が原因で「振込先口座名義相違」と判断されることはありません。